辐射4主角的儿子尚恩并不是最后找到的，而是在剧情前半段就会找到，不过这里要先说一下游戏开始后的时间线：1、2077年10月23日核战爆发，主角一家进入111号避难所2、2227年，学院雇佣兵“克罗格”进入111号避难所，带走尚恩3、2287年10月23日，沉睡了整整210年的主角离开111号避难所进入联邦废土。那么在2227年到2287年这60年左右的时间里，尚恩去做了什么？其实很简单，尚恩就是联邦废土最强地下科学研究组织“学院”（TheInstitute）的领导者（自称由学院理事会推举的代理领导人，但游戏里没有发现能号令尚恩的人），玩家前期的主线任务就是寻找和尚恩有关的线索，在康科德镇的自由博物馆和义勇军占卜师墨菲老妈交谈后获得的主线任务“联邦之宝”就是找儿子的第一步：寻找并进入联邦内的中立聚落点——钻石城，在钻石城里寻找能帮你找到儿子的人，也就是钻石城的私家侦探：尼克·瓦伦坦。而在尼克的帮助下你将会找到抢走主角儿子的雇佣兵克罗格，击败克罗格后从克罗格身上搜到的科技元件又可以让你探索克罗格的记忆以找出进入学院的方法（尼克怀疑是学院带走了尚恩），而当你进入学院的一瞬间你就明白了，学院的领导人“Father”（圣父），就是主角的儿子，主角以为儿子是在2287年的前几年被带走的，然而事实却是2227年，此时尚恩已经成了一个六七十岁的老人（带走尚恩的雇佣兵因为接受了学院的科技所以一直保持比较年轻的样子）。游戏的结局有4个，其中3个结局是歼灭学院，也就是亲手处理儿子和儿子管理的科学组织，而剩下的那个结局就是保留学院，废土四大派系（义勇军、学院、钢铁兄弟会、铁路）仅有学院和义勇军保留，但保留学院这个结局，儿子一样会死，在学院线剧情接近尾声的时候尚恩就会告诉你，他得了癌症，用学院的科技也无法治愈，而在主角帮主学院荡平钢铁兄弟会和铁路这两个学院发展路上的拦路虎后，尚恩就会病逝，死前会将学院领导人的职位交给主角。
